インボイス制度・電子帳簿保存法と、システムの対応

インボイス制度と電子帳簿保存法は、どちらも経理の制度ですが、請求書を出すシステム、受け取った請求書を保存する仕組み、会計のシステムに直接関わります。インボイス制度では、適格請求書に必要な記載事項と、取引先の登録番号の扱いが、電子帳簿保存法では、電子で受け取った取引のデータを保存するときの要件が、システムで確かめるべき点になります。

この記事では、2026年11月時点で国税庁（電子帳簿保存法一問一答は令和8年7月版）・政府広報・デジタル庁が公表している資料をもとに、システムに関わる要件を整理します。税制は改正されることがあり、要件の細かな適用は会社の状況によって異なります。個別の判断は、国税庁の最新の資料を確かめたうえで、税理士などの専門家にご確認ください。

インボイス制度とシステム

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2023年10月1日に始まりました。2023年10月1日以降、仕入税額控除を受けるには、一定の事項を記載した帳簿と、適格請求書（インボイス）の保存が必要です。適格請求書を出せるのは、税務署に登録した課税事業者で、登録されると登録番号が通知され、国税庁の公表サイトで公表されます。

出典：令和5年10月からインボイス制度が開始!（政府広報オンライン）

適格請求書の記載事項

政府広報の説明では、適格請求書の記載事項は、それまでの区分記載請求書の記載事項に、登録番号・適用税率・税率ごとに区分した消費税額等の3つを加えたものです。

出典：令和5年10月からインボイス制度が開始!（政府広報オンライン）

システムで確かめたい点

請求書を出す側と、受け取る側で、確かめる点が違います。

• 請求書を出す側：請求書の様式に、自社の登録番号・適用税率・税率ごとの消費税額等が出るか。税率ごとの金額の計算と端数の処理が、国税庁の説明に沿っているか
• 受け取る側：仕入先の取引先マスターに登録番号を持たせ、国税庁の公表サイトで照合できるか。登録していない事業者からの仕入れを区別して記録できるか

取引先マスターの持たせ方は、マスターデータの整備が必要な理由と進め方で説明しています。

電子帳簿保存法とシステム

電子帳簿保存法は、帳簿や書類を電子で保存するときの決まりを定めた法律です。大きく、会計のシステムなどで作った帳簿や書類を電子で保存する仕組み、紙で受け取った書類をスキャンして保存する仕組み（スキャナ保存）、電子で受け取った取引のデータを保存する仕組み（電子取引のデータの保存）の3つがあります。システムの対応で問い合わせが多いのは、3つ目の電子取引のデータの保存です。

電子取引のデータは、電子のまま保存する

メールに添付されたPDFの請求書や、Webのサービスからダウンロードした領収書など、電子で受け取った取引のデータは、2024年1月1日以後、電子のまま保存することが求められています。2022年度の税制改正で設けられた宥恕措置は、2023年12月31日で廃止されました。

国税庁の資料では、電子取引のデータの保存の要件は「可視性の確保」と「真実性の確保」の2つです。可視性については、モニターや操作説明書などを備え付けることと、検索の要件を満たすことが挙げられています。

出典：令和6年1月からの電子取引データの保存方法（国税庁、令和5年12月）

改ざんを防ぐ措置（真実性）

国税庁の電子帳簿保存法一問一答（電子取引関係、令和8年7月）では、真実性を確保する措置として、次のいずれかを行うこととされています。

1. タイムスタンプが付されたデータを受け取る
2. 受け取ったデータに、速やかにタイムスタンプを付す
3. 訂正削除の記録が残る、または訂正削除ができないシステムで、データの受け取り・保存を行う
4. 訂正削除の防止に関する事務処理規程を定め、備え付けて運用する

事務処理規程のサンプルは国税庁のWebサイトに掲載されており、システムを新しく入れなくても、規程を定めて守ることで対応する会社もあります。

出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（国税庁、令和8年7月）
令和6年1月からの電子取引データの保存方法（国税庁、令和5年12月）

検索できる状態で保存する（可視性）

検索の要件は、日付・金額・取引先で検索できること、日付と金額について範囲を指定して検索できること、日付・金額・取引先を組み合わせて検索できること、の3つです。国税庁の資料では、規則的なファイル名を付ける方法や、索引簿を作って検索する方法でも満たせるとされています。

税務職員からのデータのダウンロードの求めに応じられる場合には、検索の要件が緩和されます。国税庁の一問一答では、ダウンロードの求めに応じられるようにしたうえで、基準期間（通常は2年前）の売上高が5,000万円以下である場合や、出力した書面を日付と取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている場合は、検索の要件を満たさなくてもよいとされています。

出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（国税庁、令和8年7月）
令和6年1月からの電子取引データの保存方法（国税庁、令和5年12月）

要件に沿った保存ができない場合の猶予措置

国税庁の資料では、2024年1月1日以後、所轄の税務署長が相当の理由があると認め（事前の申請などは不要）、かつ、税務調査などのときにデータのダウンロードの求めや、出力した書面の提示・提出の求めに応じられるようにしている場合は、データを保存しておくだけで足りるとされています。相当の理由の例として、人手不足、システムの整備が間に合わない、資金不足などが挙げられています。

ただし、猶予措置は「保存しなくてよい」ということではなく、データそのものは保存しておく必要があります。

出典：令和6年1月からの電子取引データの保存方法（国税庁、令和5年12月）

デジタルインボイスとPeppol

請求書をPDFではなく、決まった形のデータでやり取りする仕組みを、デジタルインボイスと呼びます。デジタル庁は、電子インボイスの国際標準仕様であるPeppol（ペポル）をもとに、日本の標準仕様として「JP PINT」を定めており、2021年9月から、OpenPeppolのメンバー（Japan Peppol Authority）として活動しています。2026年6月8日には、Peppol BIS Standard Invoice JP PINT などの仕様が Ver. 1.1.3 に更新されました。

出典：電子インボイス（デジタル庁）

デジタルインボイス（Peppol）を使うと、受け取った請求書のデータを会計のシステムに取り込みやすくなり、手で入力する作業や読み取りの誤りを減らせる可能性があります。取引先の対応状況によって効果が変わるため、まず取引の多い相手から対応状況を確かめるのが現実的です。紙やPDFの請求書の読み取りをAIで自動にする方法は、請求書・注文書の読み取りを自動にするときの進め方で説明しています。

システムを選ぶ・直すときの確かめ方

インボイス制度と電子帳簿保存法に関わるシステムを選ぶ、または直すときは、次の点を確かめます。

• 請求書の様式が、適格請求書の記載事項を満たしているか
• 取引先マスターで登録番号を管理し、照合できるか
• 電子で受け取った請求書などを、どこに、誰が保存するかが決まっているか
• 保存先が、訂正削除の履歴が残る仕組みか、または事務処理規程で運用しているか
• 日付・金額・取引先で検索できるか（または検索の要件の緩和に当たるか）
• 会計のシステムとの連携で、二重の入力が起きていないか

経理の業務でのAIの使い方は、経理・バックオフィスでのAIの使いどころにまとめています。

当社のご支援

当社のAIインテグレーションでは、会計・販売管理などのシステムとデータをつなぎ、二重の入力を減らします。注文書や請求書の読み取りなど、毎日くり返す作業の仕組みづくりはソリューション提供でお受けします。税務上の判断は税理士などの専門家のご確認を前提に、システムの面からお手伝いします。ご相談はお問い合わせからお寄せください。