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運用設計とは、システムを本番で使い始めた後に、誰が、何を、どのように行うかを、開発の段階で決めておくことです。
運用設計では、監視の方法と障害が起きたときの連絡の流れ、バックアップと復旧の手順、利用者の登録や権限の変更、定期的な作業、問い合わせの受け付け、更新やパッチの当て方などを決めます。決めた内容は、運用の手順書や体制の図にまとめます。
運用のことを後回しにすると、本番を始めた後に、手作業が多い、障害に気づけない、担当が決まっていない、といった問題が出やすくなります。運用で必要になる機能（記録の出力、管理の画面など）は開発で作る必要があるため、要件定義や設計の段階で考えておきます。
運用を社内で行うか、外部に委託するかによって、手順書の細かさや、保守の契約で決める範囲が変わります。運用の費用も、システムの総費用（TCO）の一部として見積もります。